В последующие геологические эры (протерозой, мезозой и кайнозой) происходило наращивание площади материков и оформление их переходных зон
Геологические процессы приводили к изменению в соотношениях суши и акватории, размеров материков и океанов, их объединению или распаду. В частности, в результате альпийского орогенеза исчез океан Тетис, закрытие которого началось в мелу. В мезозой начали формироваться срединные океанические хребты. Гипотеза о первичности Океана не объясняет существование микроконтинентов (Европы, Сибири, Казахстана и Китая) и распад Гондваны. Гипотеза о вторичности океанических впадин возникла давно и имела большое число сторонников (начиная с Э. Зюсса). Суть ее заключается в следующих позициях. Образование океанических впадин происходит на месте материков. Так, Атлантический океан возник в результате обрушения части континента, существовавшего между Европой и Северной Америкой (немецкий геолог Г. Штиле, 1964). Интрузии основных изверженных пород настолько интенсивно проплавляют земную кору, что она теряет свои свойства, присущие ей под материками и превращается в кору океанического типа (Архангельский, 1941). Дальнейшее развитие этой гипотезы принадлежит В. В. Белоусову (1968). Согласно его версии, образование океанов началось в конце палеозоя, когда расплавленный материал мантии начал подниматься вверх к поверхности в виде огромных диапиров, которые внедрялись в материковую кору и изливались на поверхность. Под тяжестью плотных метаморфических пород, слагающих этот тип земной коры, происходило опускание части материков и образование океанических впадин. Этот процесс назван океанизацией или базификацией земной коры. Океанические впадины всех океанов оформились в конце мела. В современное геологическое время океанизация земной коры продолжается в срединных океанических хребтах. Превращение мощной материковой коры в тонкую океаническую у геофизиков (В. А. Магницкий и др.) не нашел объяснения: легкая кора не может погрузиться в плотное вещество мантии. Если это произошло, то переработке подвергся бы нижний базальтовый слой, а в океаническом типе коры сохранился бы верхний гранитный слой. В последние годы наибольшей популярностью пользуется гипотеза формирования океанических впадин в результате дрейфа литосферных плит. Конвекционная ячейка существует 200-300 млн. лет (по оценкам Хесса, 1955). За это время мантийный материал, поднявшись в осевых частях срединно-океанических хребтов, двигаясь от хребтов к материкам, достигает зон, где он всасывается обратно в мантию. Материки пассивно перемещаются на этом мантийном материале. Дно океана замещается новым мантийным материалом и обновляется каждые 300-400 млн. лет. Это объясняет наличие сравнительно маломощного чехла осадочных пород на дне океанов, отсутствие горных пород древнее юры (195-135 млн лет назад) и малое количество вулканических подводных гор.
И все-таки была Атлантида или нет. Океанизация или базификация земной коры способствовала её уничтожению или какие-то другие причины видимо навсегда так и останутся легендой.